Η διάγνωση των ιών του αναπνευστικού γίνεται σε ρινικό έκπλυμα ή με τη χρήση ρινικών swabs. Η μέθοδος που ακολουθείται είναι απομόνωση γενετικού υλικού (DNA ή RNA), αναλόγως της φύσης του ιικού γονιδιώματος. Ακολουθεί, αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) για τη ποιοτική ανίχνευση του κάθε ιού, RT-QPCR για RNA ιούς ή QPCR για DNA ιούς. Επίσης, γίνεται χρήση της multiplex-PCR για τον ταυτόχρονο προσδιορισμό παραπάνω του ενός ιών ή στελεχών στη περίπτωση της τυποποίησης.